Almuñécar se originó como una colonia fenicia llamada Sexi de manera que aún hoy a sus habitantes se les conoce como sexitanos. Bajo dominio musulmán, Almuñécar floreció como el pueblo pesquero de Al-Munakkab. La historia fenicia y romana de la zona era conocida a partir de fuentes griegas y romanas pero no fue hasta la década de los años 50 del siglo pasado en que significativas evidencias arqueológicas fueron descubiertas.
Los fenicios establecieron su primera colonia en la península ibérica en Almuñécar aproximadamente en el año 800 aC y durante 600 años se desarrolló un importante puerto, con el nombre de Ex o Sexi, y con una importante factoría de salazón de pescado e industria de curtidos llegó a ser un importante proveedor de estos productos para Grecia y Roma.
Así mismo se exportaba una pasta de pescado llamada Garum hecha con el producto de la fermentación de vísceras de pescado mezclada con diversos productos como sal y aceite.
Existen evidencias arqueológicas procedentes del cementerio fenicio, la temprana necrópolis Laurita en la ladera del Cerro de San Cristóbal y la posterior necrópolis de Puente de Noy. Una extensa colección de objetos fenicios de culto religioso y otro tipo de objetos se muestran en el museo local en el Castillo de San Miguel y en la Cueva de Siete Palacios.
Los romanos llegaron al sur de España en los tiempos de la segunda Guerra Púnica entre Roma y Cártago en el año 218 aC, como parte de su campaña para someter los asentamientos fenicios a lo largo de la costa mediterránea. Durante 700 años de colonialismo romano, la población y su industria prosperó, y en el año 49 ante de Cristo se le otorgó al municipio (una de las 20 ciudades honradas en España en ese momento) el título de Firmium Julium Sexi en reconocimiento a la lealtad de la ciudad a Roma.
En los años 1970 y 1980 grandes evidencias arqueológicas de industria de salazón de pescado y curado fueron descubiertas en excavaciones del extenso jardín botánico del Majuelo. Éstos revelaron la gran extensión de la reconstrucción y modernización de la industria bajo dominio romano. Un segmento del lugar ha sido cuidadosamente conservado, dando idea del tamaño de la industria. Dicha industria requería no solo una gran cantidad de pescado y sal marina, producida en varios lugares a lo largo de la costa, si no también de un constante suministro de agua dulce corriente.
Para satisfacer dicha demanda, los romanos construyeron en el siglo 1 dC más de 6 kilómetros de conducción de agua en los valles del Rio Seco y Rio Verde, entre ellos 5 importantes acueductos. Sorprendentemente todos siguen en pie y cuatro de ellos están todavía en uso 2000 años después, adaptados por lo árabes durante siglos para servir las necesidades de riego de cultivos. El suministro de agua romana también sirvió a la ciudad y las recientes excavaciones en el centro de la ciudad han descubierto el acueducto y los baños romanos.
Los romanos fueron probablemente los primeros en fortificar el Castillo de San Miguel, aunque las frecuentes reconstrucciones han destruido la mayoría de las extensas fortificaciones romanas. Estas incluyen un puente desde el castillo hasta el Peñón del Santo con un gran arco de 30 metros que sobrevivió al menos hasta 1800.
Justo debajo del castillo, en la ladera del terreno, se encuentra la Cueva de Siete Palacios. Sin embargo no es en realidad una cueva, sino que es el más grande remanente de un palacio romano que aún pudo ser encontrado en Almuñécar, habiendo sobrevivido durante cientos de años como vivienda social, hasta que los habitantes de la “cueva” volvieron a ser alojados en la década del año 1970. Solo entonces sus verdaderos orígenes se hacen evidentes. En la actualidad alberga el museo de la ciudad.
Otros importantes restos romanos son el puente de Cotobro y tumbas romanas en distintos lugares.
With the decline of the Western Roman Empire in the 5th century, Germanic peoples, including the Visigoths, crossed the Pyrenees mountain range into the Iberian peninsula. By 456 the Visigoths emerged as the dominant power, and expanded their territory onto the southwestern Mediterranean coast. However, Hispania remained relatively Romanized under their rule.
Los visigodos adoptaron la cultura y la lengua romana así como mantuvieron muchas de las antiguas instituciones romanas, aunque gran parte de la estructura económica se derrumbó y la industria de salazón y curado de pescado de Almuñécar experimentó una profunda depresión.
Los obispos católicos fueron los grandes rivales del poder y la cultura visigoda hasta el final del sigo VI e inicios del siglo VII, periodo de transición del arrianismo al catolicismo en el reino visigodo.
La primera invasión árabe del sur de España sucedió en el año 711 dC en las proximidades de Gibraltar. Almuñécar se recuerda el 15 de agosto del año 755 cuando el Omeya Ab dar-Rahman I de Damasco, fundador del Emirato de Córdoba, arribó desde el norte de África para establecer el reino árabe.
Los musulmanes introdujeron el cultivo de la caña de azúcar y mantuvieron la industria pesquera; muchas de las calles y edificios de la antigua ciudad fueron desarrollados por los árabes.
El castillo se mantuvo como la fortaleza de la ciudad así como la sede del gobierno. Sus muros fueron reforzados. Además, extensas mazmorras fueron construídas para aquellos que cayeron en desgracia con los gobernantes locales así como baños para uso de la élite social.
La cruz del Peñón del Santo, la roca en la antigua entrada del puerto, marca la derrota de los árabes, su rendición en Almuñécar y el retorno del cristianismo en 1489, seguido de un siglo de coexistencia.
Tras la restauración de la dominación cristiana, se establecieron nuevas obras arquitectónicas, como por ejemplo, la construcción de la nueva Iglesia cuya construcción se inició en 1557 y se culminó en su diseño final hacia el año 1600, siendo la primera iglesia de estilo barroco en la provincia de Granada.
El casco antiguo también fue cristianizado (o quizá paganizado por la diosa de la fertilidad), así como la construcción de la fuente de agua de la Calle Real, fechada en el año 1559, aunque de uso anterior ya que existía un suministro de agua instalado por los romanos desde Las Angosturas desde 1500 años antes.
